Function Annotation Evaluation Framework
Genome: GCF_000007085.1_ASM708v1
Overview
| Category | Score |
|---|---|
| Essential Term Completeness | |
| Pathway Coherence | |
| Process Coherence | |
| Protein Complex Coherence |
Essential Functions
Certain core functions are essential for cellular viability and must be present in all bacterial organisms. The minimal bacterial genome required for viability (Syn1.0) was used as a basis to determine 'essential' functions. Essential genes were manually mapped to GO terms and classified into general functional categories.
Score
Core Functions
Peripheral Functions
Table
| Function | GO Term | Status |
|---|---|---|
| Ribosome biogenesis | GO:0042254 | Found |
| Protein export | GO:0015031 | Found |
| Transcription | GO:0006351 | Found |
| RNA metabolism | GO:0016070 | Found |
| Chromosome segregation | GO:0007059 | Found |
| DNA metabolism | GO:0006259 | Found |
| Protein folding | GO:0006457 | Found |
| Translation | GO:0006412 | Found |
| RNA (rRNAs, tRNAs, small RNAs) | GO:0032774 | Found |
| DNA replication | GO:0006260 | Found |
| Lipid salvage and biogenesis | GO:0006629 | Found |
| rRNA modification | GO:0000154 | Found |
| tRNA modification | GO:0006400 | Found |
| DNA repair | GO:0006281 | Found |
| Metabolic process | GO:0008152 | Found |
| Membrane transport | GO:0055085 | Found |
| Redox homeostasis | GO:0045454 | Missing |
| Proteolysis | GO:0006508 | Found |
| Regulation | GO:0050789 | Found |
| Cell division | GO:0051301 | Found |
| Transport of nonglucose carbon sources | GO:0015849 | Found |
| Catabolism of nonglucose carbon sources | GO:0016054 | Found |
Taxonomic Consistency
To evaluate taxonomic consistency, we use the 'in taxon' constraints encoded in GO. These constraints specify which taxa can ('only in taxon', RO:0002160) or cannot ('never in taxon', RO:0002161) perform certain functions.
Satisfiability
Satisfiable
Coherence
Many biological processes require the coordinated action of multiple proteins. Predictions should ensure that all necessary components of critical pathways are identified. Pathway, process, and preotein complex coherence were evaluated using MetaCyc pathway information and the 'has_part' relations and protein complex information in the GO.
Pathway Coherence (MetaCyc)
Pathway Coherence Score
Pathway Coherence Table
| Pathway | GO Term | Status | Details |
|---|---|---|---|
| HISTSYN-PWY | GO:0000105 | Complete | |
| TRPSYN-PWY | GO:0000162 | Incomplete | |
| GLYCEROLMETAB-PWY | GO:0006071 | Incomplete | |
| PYRUVDEHYD-PWY | GO:0006086 | Complete | |
| P41-PWY | GO:0006090 | Incomplete | |
| PENTOSE-P-PWY | GO:0006098 | Incomplete | |
| DENOVOPURINE2-PWY | GO:0006164 | Incomplete | |
| P121-PWY | GO:0006166 | Complete | |
| TRNA-CHARGING-PWY | GO:0006418 | Complete | |
| ASPARAGINESYN-PWY | GO:0006528 | Incomplete | |
| CYSTSYN-PWY | GO:0006535 | Complete | |
| GLNSYN-PWY | GO:0006542 | Complete | |
| GLYCINE-SYN2-PWY | GO:0006545 | Complete | |
| SAM-PWY | GO:0006556 | Complete | |
| SERSYN-PWY | GO:0006564 | Incomplete | |
| THREOCAT-PWY | GO:0006567 | Complete | |
| UBISYN-PWY | GO:0006744 | Incomplete | |
| POLYISOPRENSYN-PWY | GO:0008299 | Incomplete | |
| PWY-3781 | GO:0009060 | Incomplete | |
| COMPLETE-ARO-PWY | GO:0009073 | Incomplete | |
| ILEUSYN-PWY | GO:0009097 | Complete | |
| LEUSYN-PWY | GO:0009098 | Incomplete | |
| PWY-841 | GO:0009113 | Incomplete | |
| PWY0-162 | GO:0009220 | Incomplete | |
| PWY0-166 | GO:0009221 | Incomplete | |
| THISYN-PWY | GO:0009228 | Incomplete | |
| RIBOSYN2-PWY | GO:0009231 | Incomplete | |
| PWY-6558 | GO:0015012 | Incomplete | |
| PPGPPMET-PWY | GO:0015969 | Complete | |
| GLYSYN-PWY | GO:0019264 | Complete | |
| NONMEVIPP-PWY | GO:0019288 | Incomplete | |
| PWY-801 | GO:0019346 | Complete | |
| DETOX1-PWY | GO:0019430 | Complete | |
| TRPKYNCAT-PWY | GO:0019441 | Incomplete | |
| GLYCLEAV-PWY | GO:0019464 | Complete | |
| HISDEG-PWY | GO:0019556 | Incomplete | |
| PWY-6317 | GO:0033499 | Incomplete | |
| PWY-2201 | GO:0035999 | Incomplete | |
| PWY0-845 | GO:0042823 | Incomplete | |
| FOLSYN-PWY | GO:0046654 | Incomplete |
Process Coherence (Gene Ontology 'has_part')
Process Coherence Score
Process Coherence Table
| Protein ID | Annotated Terms | Missing Related Terms |
|---|---|---|
| WP_011025495.1 | GO:0006308 | GO:0003674, GO:0140097, GO:0140640 |
| WP_011025495.1 | GO:0003700 | GO:0000976, GO:0001067, GO:0003674, GO:0005488, GO:1990837 |
| WP_011025495.1 | GO:0016987 | GO:0001046, GO:0019899, GO:0043175 |
| WP_011025495.1 | GO:0006614 | GO:0001677, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009987, GO:0016043, GO:0019538, GO:0022411, GO:0022607, GO:0022618, GO:0032984, GO:0043933, GO:0065003, GO:0071826, GO:0071840 |
| WP_011025495.1 | GO:0006434 | GO:0001717, GO:0006399, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009987, GO:0019988, GO:0043412, GO:0090304 |
| WP_011025495.1 | GO:0006098 | GO:0003674, GO:0004751, GO:0006081, GO:0006739, GO:0006740, GO:0006753, GO:0006793, GO:0006796, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009051, GO:0009052, GO:0009987, GO:0016744, GO:0016854, GO:0016860, GO:0016861, GO:0017057, GO:0019362, GO:0019637, GO:0019682, GO:0044281, GO:0046496, GO:0052689, GO:0055086, GO:0072521, GO:0072524 |
| WP_011025495.1 | GO:0006413 | GO:0001677, GO:0008150, GO:0009987, GO:0016043, GO:0022607, GO:0022618, GO:0043933, GO:0065003, GO:0071826, GO:0071840 |
| WP_011025495.1 | GO:0003916 | GO:0003674, GO:0005488 |
| WP_011025495.1 | GO:0006260 | GO:0008150, GO:0008152, GO:0009987, GO:0034654, GO:0071897, GO:0090304, GO:0141187 |
| WP_011025495.1 | GO:0006412 | GO:0001677, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009987, GO:0016043, GO:0022411, GO:0022607, GO:0022618, GO:0032984, GO:0043933, GO:0065003, GO:0071826, GO:0071840 |
| WP_011025495.1 | GO:0044183 | GO:0003674, GO:0005488 |
| WP_011025495.1 | GO:0006096 | GO:0003674, GO:0004619, GO:0043891 |
| WP_011025495.1 | GO:0009678 | GO:0016817 |
| WP_011026309.1 | GO:0006308 | GO:0003674, GO:0140097, GO:0140640 |
| WP_011026309.1 | GO:0003700 | GO:0000976, GO:0001067, GO:0003674, GO:0005488, GO:1990837 |
| WP_011026309.1 | GO:0016987 | GO:0001046, GO:0019899, GO:0043175 |
| WP_011026309.1 | GO:0006614 | GO:0001677, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009987, GO:0016043, GO:0019538, GO:0022411, GO:0022607, GO:0022618, GO:0032984, GO:0043933, GO:0065003, GO:0071826, GO:0071840 |
| WP_011026309.1 | GO:0006434 | GO:0001717, GO:0006399, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009987, GO:0019988, GO:0043412, GO:0090304 |
| WP_011026309.1 | GO:0006098 | GO:0003674, GO:0004751, GO:0006081, GO:0006739, GO:0006740, GO:0006753, GO:0006793, GO:0006796, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009051, GO:0009052, GO:0009987, GO:0016744, GO:0016854, GO:0016860, GO:0016861, GO:0017057, GO:0019362, GO:0019637, GO:0019682, GO:0044281, GO:0046496, GO:0052689, GO:0055086, GO:0072521, GO:0072524 |
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| WP_011026309.1 | GO:0006412 | GO:0001677, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009987, GO:0016043, GO:0022411, GO:0022607, GO:0022618, GO:0032984, GO:0043933, GO:0065003, GO:0071826, GO:0071840 |
| WP_011026309.1 | GO:0044183 | GO:0003674, GO:0005488 |
| WP_011026309.1 | GO:0006096 | GO:0003674, GO:0004619, GO:0043891 |
| WP_011026309.1 | GO:0009678 | GO:0016817 |
| WP_009610761.1 | GO:0006308 | GO:0003674, GO:0140097, GO:0140640 |
| WP_009610761.1 | GO:0003700 | GO:0000976, GO:0001067, GO:0003674, GO:0005488, GO:1990837 |
| WP_009610761.1 | GO:0016987 | GO:0001046, GO:0019899, GO:0043175 |
| WP_009610761.1 | GO:0006614 | GO:0001677, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009987, GO:0016043, GO:0019538, GO:0022411, GO:0022607, GO:0022618, GO:0032984, GO:0043933, GO:0065003, GO:0071826, GO:0071840 |
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| WP_011024936.1 | GO:0044183 | GO:0003674, GO:0005488 |
| WP_011024936.1 | GO:0006096 | GO:0003674, GO:0004619, GO:0043891 |
| WP_011024936.1 | GO:0009678 | GO:0016817 |
| WP_009610471.1 | GO:0006308 | GO:0003674, GO:0140097, GO:0140640 |
| WP_009610471.1 | GO:0003700 | GO:0000976, GO:0001067, GO:0003674, GO:0005488, GO:1990837 |
| WP_009610471.1 | GO:0016987 | GO:0001046, GO:0019899, GO:0043175 |
| WP_009610471.1 | GO:0006614 | GO:0001677, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009987, GO:0016043, GO:0019538, GO:0022411, GO:0022607, GO:0022618, GO:0032984, GO:0043933, GO:0065003, GO:0071826, GO:0071840 |
| WP_009610471.1 | GO:0006434 | GO:0001717, GO:0006399, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009987, GO:0019988, GO:0043412, GO:0090304 |
| WP_009610471.1 | GO:0006098 | GO:0003674, GO:0004751, GO:0006081, GO:0006739, GO:0006740, GO:0006753, GO:0006793, GO:0006796, GO:0008150, GO:0008152, GO:0009051, GO:0009052, GO:0009987, GO:0016744, GO:0016854, GO:0016860, GO:0016861, GO:0017057, GO:0019362, GO:0019637, GO:0019682, GO:0044281, GO:0046496, GO:0052689, GO:0055086, GO:0072521, GO:0072524 |
| WP_009610471.1 | GO:0006413 | GO:0001677, GO:0008150, GO:0009987, GO:0016043, GO:0022607, GO:0022618, GO:0043933, GO:0065003, GO:0071826, GO:0071840 |
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Protein Complex Coherence
Protein Complex Coherence Score
Protein Complex Coherence Table
| Complex GO Class | GO Class Name | Status |
|---|---|---|
| GO:0098796 | membrane protein complex | Coherent |
| GO:0098533 | ATPase dependent transmembrane transport complex | Coherent |
| GO:0098797 | plasma membrane protein complex | Coherent |
| GO:1902495 | transmembrane transporter complex | Coherent |
| GO:1990351 | transporter complex | Coherent |
| GO:0043190 | ATP-binding cassette (ABC) transporter complex | Coherent |
| GO:0032991 | protein-containing complex | Coherent |
| GO:0044391 | ribosomal subunit | Coherent |
| GO:1990904 | ribonucleoprotein complex | Coherent |
| GO:0015935 | small ribosomal subunit | Coherent |
| GO:0048500 | signal recognition particle | Incoherent |
| GO:0015934 | large ribosomal subunit | Coherent |
| GO:1902494 | catalytic complex | Coherent |
| GO:0005960 | glycine cleavage complex | Coherent |
| GO:1990204 | oxidoreductase complex | Coherent |
| GO:0140535 | intracellular protein-containing complex | Coherent |
| GO:0009360 | DNA polymerase III complex | Coherent |
| GO:0061695 | transferase complex, transferring phosphorus-containing groups | Coherent |
| GO:0042575 | DNA polymerase complex | Coherent |
| GO:1990234 | transferase complex | Coherent |
| GO:0110001 | toxin-antitoxin complex | Coherent |
| GO:0005667 | transcription regulator complex | Coherent |
| GO:0017053 | transcription repressor complex | Coherent |
| GO:0030956 | glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase complex | Incoherent |
| GO:0015627 | type II protein secretion system complex | Coherent |
| GO:0030257 | type III protein secretion system complex | Incoherent |
| GO:0009317 | acetyl-CoA carboxylase complex | Incoherent |
| GO:0009380 | excinuclease repair complex | Coherent |
| GO:1905348 | endonuclease complex | Coherent |
| GO:1905347 | endodeoxyribonuclease complex | Coherent |
| GO:1990391 | DNA repair complex | Coherent |
| GO:0033177 | proton-transporting two-sector ATPase complex, proton-transporting domain | Incoherent |
| GO:0016469 | proton-transporting two-sector ATPase complex | Incoherent |
| GO:0009376 | HslUV protease complex | Coherent |
| GO:1905368 | peptidase complex | Coherent |
| GO:1905369 | endopeptidase complex | Coherent |
| GO:0000502 | proteasome complex | Coherent |
| GO:0031597 | cytosolic proteasome complex | Coherent |
| GO:0009379 | Holliday junction helicase complex | Incoherent |
| GO:0033202 | DNA helicase complex | Incoherent |
| GO:0005839 | proteasome core complex | Incoherent |
| GO:0032300 | mismatch repair complex | Incoherent |
| GO:0030700 | glycine reductase complex | Coherent |
| GO:0045240 | alpha-ketoacid dehydrogenase complex | Incoherent |
| GO:0045254 | pyruvate dehydrogenase complex | Incoherent |
| GO:0031515 | tRNA (m1A) methyltransferase complex | Incoherent |
| GO:0034708 | methyltransferase complex | Incoherent |
| GO:0043527 | tRNA methyltransferase complex | Incoherent |
| GO:0009318 | exodeoxyribonuclease VII complex | Coherent |
| GO:0009331 | glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex | Incoherent |
| GO:0000015 | phosphopyruvate hydratase complex | Incoherent |